La construction du château d’Uppsala commence sous le règne de Gustave Vasa (1521 - 1560). On choisit pour l’édifier une colline située au sud de la ville, baignée par le fleuve Fyrisån. On prétend traditionnellement que la première pierre a été posée en 1549, mais les travaux ont en fait été entamés dès 1547.En 1548 commence la construction de la tour sud-ouest sous la direction de Henrik von Cöllen, qui avait déjà dirigé les travaux du château de Gripsholm. Il est remplacé en 1550 par Pavel Schütz, qui agrandit le château et lui accole au nord de vastes dépendances. Il ajoute également deux bastions, et édifie une muraille autour de l’ensemble du bâtiment. À cette époque, le château n’est pas orienté nord-sud, comme de nos jours, mais est-ouest. Seuls de rares vestiges de cette construction, parmi lesquels la muraille surmontée d’un clocher de bois, subsistent encore aujourd’hui.En 1572, un incendie fait subir de sérieux dommages au château. Le roi Jean III charge alors Franz Parr (dit aussi Franciscus Pahr) de reconstruire l'édifice détruit par les flammes. Parr est recruté au Mecklembourg, où il a construit le château de Güstrow. Aujourd’hui encore, on retrouve à Uppsala des détails semblables à ceux du château de Güstrow, telle la Porte du Roi Jean. À l’époque, la partie la plus noble du château est l’église, qui s’éleve sur trois étages et abrite la salle du trône. Il n’en subsiste aujourd’hui que quelques ornements en stuc. À la mort de Parr en 1580, la tour est n’est pas encore terminée.
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